Jean-Pierre Bocquet-Appel a été élu Directeur d'Études cumulant à l'École Pratique des Hautes Études en 2008, titulaire de la Direction d'Études en Anthropologie démographique en 3ème section de l'École. Il a rejoint dès son élection le Laboratoire de Paléoanthropologie (dirigé par Henri Duday) redevenu Laboratoire Broca en 2011. Engagé dans les responsabilités scientifiques (deux mandats de membre du Conseil Scientifique de l'EPHE), il a été aussi actif dans les enseignements de l'EPHE jusqu'à sa retraite en 2016. Sa fonction professorale à l'École Pratique lui a permis de transmettre avec enthousiasme aux étudiants et auditeurs de l'EPHE sa vision de l'anthropologie biologique. Il a été de 2010 à 2015 le créateur et le responsable de l'Unité d'Enseignement « Hommes et Milieux » du Master Biologie Santé et Environnement de l'EPHE. Avec Charles Stépanoff, membre de la 5ème section de l'École et du Laboratoire d'Anthropologie Sociale, il a été le moteur de la construction du séminaire d'Anthropologie générale de l'EPHE, mis en place à la Sorbonne et au Collège de France en collaboration avec l'EHESS. Ces deux enseignements ont ainsi permis à de nombreux étudiants d'enrichir leurs connaissances sur l'anthropologie démographique et la démographie spatiale et de découvrir les concepts de transition démographique néolithique ou agricole, chers à Jean-Pierre Bocquet-Appel.